Существует несколько версий происхождения рецепта.
Победа над Наполеоном Бонапартом на территории России произошла в 1812 году. А в честь празднования столетия этой знаменательной даты в царской России состоялись торжества, к которым шла тщательная подготовка. Именно к праздничному столу именитым поварам удалось приготовить новое пирожное, тающее во рту, нежное, необычное. Готовился Наполеон достаточно просто: несколько небольших треугольной формы коржей из слоеного теста обильно прослаивались заварным кремом на молоке и масле и настаивались в течение суток в холодном помещении.
Возможно, торт изобретён в Неаполе под названием Napolitano (неапольский), а современное название — искажение.
Венгерская версия «Наполеона» примечательна тем, что при подаче на стол торт обязательно разрезается на кубики относительно большого размера. Связано это с происхождением «Кремеша»: знаменитый французский кондитер, изобретатель пирожного «Миньон» Жак Миньон обнаружил, что склонность к небольшим по размеру десертам питают только светские дамы, прочая же публика предпочитает крупные порции. Наблюдения за потребительскими пристрастиями и многочисленные эксперименты в кондитерской в конечном итоге привели к устоявшейся и по сей день форме венгерского «Наполеона».
Появление интернета и социальных сетей привело к повсеместному распространению этого кулинарного изделия, многочисленные рецепты которого зачастую отличаются от классического торта «Наполеон».